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重磅!曹雪濤團隊再取突破

2024-11-22 23:10:14

2′-O是在不同型別的RNA中發現的最普遍的RNA修飾之一。然而,參與甲基轉移的酶的特性還沒有很好地定義。迄今為止,纖顫蛋白(fibrillarin,FBL)是唯一已知的小核仁核糖核蛋白(snoRNP)2′-O-甲基轉移酶。是否存在其他的snoRNP2′-O-甲基轉移酶,以及它們在靶向RNA決定細胞分化和功能方面的功能有待闡明。

2024年11月21日,南開大學/中國醫學科學院/北京協和醫學院團隊在Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS)線上發表題為“Identification of FBLL1 as a neuron-specific RNA 2-O-methyltransferase mediating neuronal differentiation”的研究論文,該研究發現FBLL1樣蛋白1 (FBLL1)是一種2′-O-甲基轉移酶,並發現其促進神經元分化的功能。

該研究發現FBLL1是一個關鍵的snoRNP複合酶,在體外和體內都能將甲基轉移到底物RNA上。此外,FBLL1表現出不同於FBL的2′-O-甲基轉移酶位點選擇性和組織特異性分佈。FBLL1優先在大腦中表達,特別是在人類神經元細胞中,並透過GAP43信使RNA (mRNA)的2′-O-甲基化促進神經元分化。敲除FBLL1,而不敲除FBL,可降低GAP43 mRNA中2′-O-甲基化水平,降低GAP43蛋白的表達,最終抑制神經元分化。總之,該研究發現神經元特異性FBLL1增加了對神經生物學中RNA修飾的見解,併為理解健康和疾病中的2′-O-甲基化提供了線索。

RNA修飾是決定細胞分化和功能的關鍵,並參與各種生理和病理過程。它們是轉錄後RNA分子化學成分的變化。迄今為止,已經鑑定出超過150種不同的RNA修飾,包括最廣泛研究的N6-甲基腺苷(m6A)。RNA修飾在轉錄後調控中的機制是複雜的,因為涉及多種RNA結合蛋白(RBP)活性,包括寫入、擦除和讀取。

最近,在正常器官發育和體內平衡的譜系命運決定過程中,RNA修飾成為基因表達的關鍵轉錄後調控因子,例如,m6A在大腦發育過程中顯著增加,並表現出組織特異性調控。越來越多的研究將RNA修飾失調與多種疾病聯絡起來,包括癌症、感染、自身免疫性疾病和神經系統疾病。揭示RNA修飾的基本分子功能,識別負責書寫、擦除或調節RNA修飾的蛋白質,將加深我們對生命的理解,併為干預人類疾病提供靶點。

2′-O-甲基化(Nm,其中N代表任何核苷酸)是幾乎所有物種中非編碼RNA和編碼RNA中最普遍的RNA修飾之一。最近的資料顯示,Nm也出現在低丰度的RNA中,如信使RNA (mRNA)和其他小核RNA。Nm被證明與RNA穩定性有關,也在更微妙的功能中發揮作用,如基因翻譯;它們甚至與免疫逃避機制有關。然而,各種Nm位點的意義仍然知之甚少,Nm位點如何參與基因調控和mRNA翻譯仍有待確定。

文章模式圖(圖源自PNAS)

儘管經過數十年的努力,Nm相關RBPs的身份仍未得到很好的定義,這限制了對Nm精確生物學作用和功能的進一步瞭解。與m6A和其他甲基化型別不同,沒有發現去除Nm的蛋白質。2′-O-甲基化殘基的形成透過兩種機制實現:要麼是獨立的酶,要麼是盒C/D小核核RNA (snoRNA)引導的核糖核蛋白(RNP)複合物。最近發現了幾個獨立的2′-O-甲基轉移酶,擴大了對不依賴於snoRNA的核糖甲基化的認識。例如,FTSJ3被鑑定為透過TRBP (TAR RNA結合蛋白)募集的HIV的2′-O-甲基轉移酶,以避免先天免疫感知。同時,纖原蛋白(FBL)是唯一報道的盒C/D snoRNA引導蛋白複合物中的2′-O-甲基轉移酶。考慮到Nm的重要性和廣泛分佈,以及眾所周知的用於m6A修飾的蛋白質複合物,可能存在其他依賴於Nm的小核仁RNP (snoRNP)酶,這需要探索。

該研究透過質譜(MS)鑑定了FBL樣蛋白1 (FBLL1)為aNm轉移酶。在體外和細胞中,FBLL1與盒C/D snoRNA和其他核心蛋白形成snoRNP複合物後,將甲基轉移到底物RNA的核糖部分的2-羥基上。與FBL相比,FBLL1在不同組織中表現出不同的底物位點特異性和表達水平,因此具有不同的生物學功能。研究結果表明,FBLL1在神經元細胞中富集,並透過介導GAP43 mRNA的Nm修飾,透過增加GAP43蛋白的表達來促進神經元的分化。

參考訊息:

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2406961121

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