《女神異聞錄》系列長期以來一直存在著與同性戀和跨性別恐慌有關的問題，而據IGN報道，《女神異聞錄3Reload》的特定場景中消除了原版遊戲對跨性別的歧視。
在原作《女神異聞錄3》中某個場景，團隊成員在海灘上試圖搭訕女性，真田明彥、伊織順平以及主角走向一個被稱為“美麗女士”（Beautiful Lady）的角色。在一些來回對話之後，真田明彥指出了她下巴上有一點鬍鬚，美麗女士回應道：“我，我漏掉了？！”順平隨後驚叫道：“她是個男的？！”
在《女神異聞錄3 Portable》中，對話略有改動（角色名改為“漂亮女士”(Pretty Lady)而不是“美麗女士”），但仍然包含了同樣的跨性別恐慌。
不過，經過IGN證實，《女神異聞錄3Reload》中該場景改變了對話內容，最終結果是一樣的——主角團成員逃離了那個女性——但不再是因為她是跨性別者，而是因為她實際上試圖向他們銷售防曬霜。
在新的場景中，對話在“漂亮女士”告訴他們“你們知道天空中的太陽是假的，對吧？那是一個在上世紀80年代被送入太空的人造太陽。”之後就開始走向了錯誤的方向。她的角色名隨後改為“妄想女士”，她告訴他們“普通的防曬霜對抗那個假太陽無效”，並試圖以30萬日元的價格向他們銷售“特殊”的防曬霜。團隊意識到這個角色有些奇怪，於是匆匆離開。這個場景仍然有些奇怪，但至少在這個新版本中，對跨性別的歧視已經消失了。
這不是Atlus第一次對《女神異聞錄》系列中的同性戀或跨性別內容進行更改。2020年，Atlus在歐美髮行的《女神異聞錄5皇家版》中改變了一些被粉絲認為具有冒犯性和恐同性質的場景。
