防走失,電梯直達
來源:知識分子
作者:嚴勝男 陳曉雪
生物化學家, 美國國家科學院院 士 ,拉斯克獎得主陳志堅。圖源: 美國 德克薩斯大學西南醫學中 心官網
對於陳志堅來說,從來就不存在第二條路。
從細胞轉錄因子NF-kB開始,到發現RNA感測中的MAVS蛋白,再到發現DNA感測中的cGAS酶,他一路從免疫訊號通路的下游游到了上游,最後他解開了一個百年醫學謎團:免疫系統如何知道自己何時受到攻擊?
作為“早期反應者”,先天免疫系統必須快速識別外部入侵者和內部受損或死亡的細胞。為了實現這一目標,免疫系統進化出了多種感知受體,每種受體在不同細胞型別中分佈,能夠識別特定的重複分子模式並觸發相應的免疫反應。例如,Toll樣受體(TLR)能夠識別病毒、細菌、真菌和寄生蟲特有的分子模式,而RIG-I樣解旋酶家族則能夠檢測受感染細胞細胞質中的各種形式的病毒RNA。
能夠檢測異常DNA的尤為重要,因為許多傳染性病原體攜帶DNA,而所有細胞都含有DNA。在正常細胞中,DNA主要存在於細胞核和線粒體內;在受感染或死亡的細胞中,DNA可能會進入細胞質。長久以來,人們從未發現過一個真正的DNA受體。
直到2012年,陳志堅找到了它,一種在動物、細菌和微生物中都普遍存在的DNA感測器——cGAS。cGAS漂浮在細胞質中,一旦發現DNA入侵,便拉響警報,生成第二信使cGAMP,啟用內質網中的STING蛋白(干擾素基因刺激劑)引發免疫反應。這一發現解釋了免疫系統如何識別並應對病毒感染和DNA損傷。
2024年9月,美國德克薩斯大學西南醫學中心陳志堅被授予拉斯克獎(The Lasker Awards)基礎醫學研究獎,以表彰他發現“感知外來和自身DNA的cGAS酶,解開DNA如何刺激免疫和炎症反應的謎團”。拉斯克獎被譽為諾貝爾獎“風向標”,據統計已有86位拉斯克獎得主獲得了諾貝爾獎。
幾十年來免疫學領域不乏重大發現,但陳志堅始終專注在自己的這條路上。他是如何做到堅定地走唯一的路?這位從中國福建鄉村走出來的國際著名生物化學家反過來發問,“如果你有自己的問題,你又覺得這個問題很有意義,為什麼不把你的主要精力來追隨你感興趣、又認為很有意義的問題,而去追趕潮流?”
簡單和堅韌是這位生物化學家的性格底色。在純化cGAS酶過程中,他也曾感到束手無策,他們處理了 2000 多個細胞培養皿,純化程度達到了 15000倍,但依然不足以將酶純化到明顯的同質性。擺在他面前有兩種選擇,放棄和再試試別的方法,他堅持了下來,提出了一種基於蛋白質純化和定量質譜分析的混合方法。
他用一種“old fashion”式的生物化學的方式在這場尋找感測器的競賽中勝出,它的競爭者是遺傳學、系統生物學這些看似更先進的方式。
陳志堅說他自己直到博後出站都沒有做到真正的科研入門,反而是在波士頓一家小公司一邊科研一邊做產品開發時,才真正瞭解什麼樣的問題重要,什麼樣的問題沒那麼重要。後來因為嚮往自由,31歲的陳志堅回到了學術界。在他的講述中,實驗的瓶頸、經費、終身教職、專案、文章,都不能稱為一種苦和累。他說,“壓力總是有的,不過,專注於工作,壓力就會消散;工作沒做好,壓力就會累積”。
他從不花很多時間在社交媒體上面,“Follow your observation,follow your interest”, 其他的事順其自然。他用他的經歷告訴我們堅持的意義,“如果專注於某一個課題,你要相信這個世界上能比你對這個課題更懂的人不多。雖然有些實驗室看上去很大,但真正和一個課題相關的可能就少數一兩個學生或博後。如果你找到合適的課題並投身其中,你可以和世界上任何一個實驗室競爭”。
他永遠被基礎研究能發現的永恆時刻吸引,“它(cGAS)已經存在幾十億年,還很可能繼續存在幾萬年或幾億年,發現這個永恆事物那一刻,本身就是激動人心的”。
11月5日,陳志堅被授予求是獎。知識分子專訪了陳志堅教授,聽他講述自己的科研人生。
01
Old Fashion的勝出
知識分子:首先恭喜您獲得今年的拉斯克獎,能不能先請您介紹一下cGAS發現的過程?
陳志堅:做cGAS或者DNA sensing(感知)之前,我們是做RNA sensing,就是說免疫系統怎麼識別 RNA病毒,比如像流感病毒,丙肝病毒這樣的免疫識別和訊號傳導的途徑。我們發現了一個關鍵的蛋白叫做MAVS,這是一個關鍵的蛋白。然後在MAVS的基礎上,我們在上游和下游做了很多工作,前後也大概做了10年。接下來一個很自然的問題,就是DNA是怎麼被識別的,特別是胞漿裡面的DNA是怎麼被識別的。原來我們也不太注意這個問題,但是後來發現這個也是一個非常重要的問題,因為牽涉到很多細菌病毒,各種帶DNA的病菌、微生物。另外一個也跟很多自身免疫疾病,包括癌症關係也很大。
我們剛開始做的時候,發現競爭很厲害,有很多實驗室都在做,他們也發表了不少文章。但是我們認為還是有一個真正的 DNA的受體沒有找到。
我們做了三四年左右的時間。前面有一個日本的博士後在做,有一些進展,但是關鍵的一步沒有做出來。後來我們實驗室有一個非常優秀的生化學家,叫孫立軍,他來做這個體外的實驗。他也花了大概兩年的時間,才把試驗給做出來。所以總共有花了4年左右的時間。
有很多實驗室都在做,他們有一些人用系統生物學的手段,有一些人用遺傳的手段,但是最後還是生化的手段成功了。
知識分子:其他人沒有嘗試用生化的手段嗎?為什麼其他人考慮了用遺傳的手段或者系統生物學的手段,生化手段在當時會是最優的一個選擇嗎?
陳志堅:很多人認為生化的手段過時了,因為現在有了基因組,有了很多這種非常強大,非常有效的遺傳篩選的手段。但其實我是不這麼認為,我覺得傳統的生物化學的手段還是非常有用,特別是現在有一些新的技術,比如說像質譜的技術,對我們做生化的人是帶來了非常大的好處。以前我們做純化的時候要純化很多蛋白,現在只要純化一點點蛋白,就可以用質譜找到我們想要的蛋白,所以質譜技術給做傳統生化的(研究者)帶來非常大的幫助,但它不會取代傳統生化。生物化學就是follow activity,最後總可以找到東西,比如說蛋白或者別的分子,聽上去是有點old fashion,但是既然有那麼多成功的例子,幾個非常重大的發現,原始的發現,都是透過生化的手段做出來的,為什麼要拋棄這種有效的手段?
知識分子:從最初的NF-kB,到RNA感測MAVS再到DNA感測,您好像就這樣一步步順著免疫這條通道游到了上游來,這和其他的一些科學家還不太一樣。有的人可能會同時佈局兩三個方向,用一個方向的研究去支撐另一個方向的研究,您當時是怎樣想的,有沒有過這樣的擔憂?
陳志堅:我們倒是沒有這個擔憂,其實我們還是這是跟隨我們的觀察和發現,整個過程包括早期為什麼會做ubiquitin(泛素),這都是由data來指導的,發現一個比較有趣的現象,我們跟進,你想搞清楚這是怎麼回事,然後又有新的現象。
我們也一般不去追趕潮流,在過去二十幾年也有好幾個非常熱門的研究,比如說micro RNA,比如說到後面iPS細胞(誘導多能幹細胞)等等。當然他們一些重要的技術手段我們也一直在用,包括基因編緝CRISPR-Cas9這些技術手段我們都在用。但是我們還是根據自己的碰到的問題去做。
知識分子:其實現在大家都看到一個熱點出現,會不由自主的就去進入到那個領域,您是如何去抵抗這種潮流?
陳志堅:如果說你有自己的問題,你對這個問題很感興趣,並且認為它很有意義,為什麼不把你的主要精力來做你感興趣、又認為很有意義的問題,而去追趕潮流?我覺得這個答案應該是比較簡單的。
知識分子:研究了這麼久的免疫通路,最讓您感到激動人心的環節是什麼?
陳志堅:當然是我們發現cGAS的那一刻。就像我剛才說的,我們建立生化手段尋找DNA感測器,後來發現它是一個酶,能夠催化合成一個全新的第二信使,這些都是以前從未發現過的。cGAS已經存在了幾十億年,我們的團隊是最早發現這樣的分子機制的。我覺得做基礎研究最吸引人的地方就在於,你發現的東西可能是永恆的,幾千年、幾萬年後,這個東西可能仍然存在,所以這還是一個相當激動人心的時刻。這種心情其實並不需要得到什麼獎項才能感受到,當你發現的東西既有意思又重要,那一刻本身就是非常振奮人心的。
知識分子:做研究是技術重要,還是發現問題重要?
陳志堅:兩個都重要,但總的來說我覺得還是要解決什麼問題更重要。發展技術的一個目的,其實也是要解決問題,就是看生物學裡面有什麼重要的問題。有了這個問題以後,這個時候就找各種各樣的手段來解決它,可以用生物化學的手段,可以用遺傳學的手段,可以用細胞生物學的手段,各種各樣的手段。有時候還需要開創一些新的技術才能解決提出來的這個問題。所以有時候一些重大問題的解決也需要一些新的技術的開發,你一些技術比別人做得好,你可能就有優勢來解決這個問題。但如果真的要在兩者之間來比的話,我覺得能夠解決什麼樣生物學問題,才是最重要的。
02
要享受科研這個過程,
如果不享受的話那就不值得
知識分子:您是在什麼時候您覺得自己可能最擅長的是做科學?從什麼時候開始肯定了自己能夠在這條路上可以繼續走下去。
陳志堅:雖然讀研究生時我也覺得科研挺有意思的,但感覺自己並沒有真正入門。直到我在波士頓的一家小公司工作,那裡我一半時間做科研,另一半時間參與產品開發,我才感覺自己真正入門了,能夠獨立開展工作,分辨出哪些問題重要,哪些不那麼重要。在設計實驗等方面,我也覺得自己算是開竅了。所以,相比其他人,我算是入門得比較晚。
知識分子:您曾經在產業界工作過一段時間,這樣的經歷在國內科學家裡比較少見,當時為什麼會做出這樣的選擇?
陳志堅:這是一個偶然的機會,我原本沒有考慮去公司工作。在做博士後期間,我幫助一個朋友推薦工作,之後對方提到還有一個職位空缺,問我是否感興趣。當時我表示不感興趣,因為我更傾向於去大學工作。但因為那家公司在聖地亞哥附近,離我所在的研究所只有一個小時車程,所以我決定去看一看。我發現公司的研究工作很有趣,特別是他們正在進行的一個名為T細胞治療(car-t)的第一代研究專案,這讓我感到興奮。此外,公司提供的待遇對於博士後來說也很有吸引力。因此,我決定去公司工作。最終,這個偶然的機會讓我在公司工作了幾年,分別體驗了大公司和小公司。當時小公司的創始人是哈佛的教授,他們對做科研也很支援,所以我在公司裡面就可以做科研,我那時候也發表了比較好的論文,為我重新回到大學打下了基礎。
知識分子:您覺得您在產業界這段經歷對於您去從事科研有什麼樣的影響嗎?對選擇研究問題會有幫助嗎?為什麼會回來,回來遇到哪些阻礙?
陳志堅:我想會有一些幫助。我們做科研的時候,總是下意識的會找一些跟疾病有直接或者間接關係的一些課題。即使不是很有意的要去做一些跟疾病有關係的東西,但是下意識裡面還是會往這方面靠攏的。
我回到學術界最主要是覺得學術界裡面更自由一些,自己想做什麼就可以做什麼,這一點對我來說是比較重要。學校裡可以接觸到各種各樣的science,有cancer research,也有神經科學、發育生物學、微生物學,非常多樣,所以學校的環境總的來說更適合科學創新。最後我選擇到西南醫學中心,我認為這裡有最好的做科研的環境,有很多德高望重的科學家。
知識分子:您剛剛回到學術界時在科研生涯起步階段面臨怎樣的困難?
陳志堅:像所有助理教授一樣,起初幾年要申請專案、發表文章、招帶學生,壓力自然存在。但我當時更關注如何解決問題,而不是壓力本身。壓力總是有的,不過,專注於工作,壓力就會消散;工作沒做好,壓力就會累積。
知識分子:當時沒有這種壓力,是不是跟您進高校時很年輕有關係,兜兜轉轉還是很年輕?
陳志堅:那時候也算是比較年輕。我回到學校成立實驗室時31歲,開始自己的實驗室是一件很激動人心的事情。我覺得更多的並不是壓力,而是想著怎麼把這個事情先做好。另一方面我當初也沒有很大的野心,從來沒有想過說會成為霍華德休斯研究員,更不敢想說會拿院士諸如此類的問題。就是把眼前的課題做好。第一步拿終身教職。
知識分子:是不是也跟您找到一個合適您做研究的環境有關,比如您可能跟國內目前大家面對的問題是不同的?
陳志堅:美國也有類似的要求,七年內要發表好文章、有基金的資助,才能獲得終身教職。所有的助理教授都有一定的壓力,但怎麼去應對所謂的壓力,我想大多數人也都是把事情做好,然後別的就順其自然。
知識分子:隨著高等教育擴招博士畢業生的增多,想要在高校尋求教職越來越難了,如何判斷自己適合業界還是學界,您有什麼經驗可以分享?
陳志堅:首先,重要的是找到自己真正喜歡的事情,如果你真的熱愛科研,你才來做這件事情。其次,要判斷自己是否擅長科研,這通常需要幾年的時間來入門,我在研究生階段甚至到博士後階段都還沒有真正入門,直到我進入公司工作後,才感覺自己開始入門了。這同樣需要時間來摸索。
最終,如果你既喜歡科研又能在其中做出新的發現,那麼成為科學家或教授無疑是一個很好的事業選擇。如果具備了這兩點,所有問題,包括找工作的困難,都會迎刃而解。
在我讀研究生的時候,有很多人跟我們說美國的教職很少,NIH的RO1專案資助率很低,只有百分之十幾。如果整天去考慮這東西的話,我可能老早就不會走這一條道路,但是有時候我覺得還是傻一點好。你做自己喜歡做的事情,別的事順其自然。工作做得好了,不是找不到工作,而是選擇哪種工作,我知道很多做的好的博後都有多個工作機會。
特別是現在網路社交媒體時代,有各種各樣的聲音,很容易有各種各樣的影響。最後還是要靜下心來問自己感興趣的事是什麼,把這些問題想清楚了以後,然後你就去做,應該是可以做好。
知識分子:所以您也不會覺得,這個時代面對的問題會比您那個時代更艱鉅或者是更嚴重?
陳志堅:是的,我覺得沒有太大差別。每個時代都有其特點和挑戰,比如八九十年代國內科研條件差,而現在條件好多了,但也面臨新問題。無論如何,科研的本質沒變,找到新發現總是值得欣慰的。回頭看,如果你投入在自己熱愛和擅長的領域,並有所收穫,這就是成功。
知識分子:您從不覺得科研是一件特別苦的事情?
陳志堅:科研本身包括實驗本身並不是一件特別痛苦的事情。科研工作肯定不是朝九晚五就能完成的,有時一個實驗可能需要很長時間,這是常有的事。但如果真正投入其中,其實並不會感到特別痛苦。即使現在我不再親自在實驗室做實驗,我仍然花費大量時間閱讀論文、撰寫論文,這些工作雖然繁重,但我也不覺得痛苦。如果你真的熱愛這項工作,即使在工作時間之外,比如回到家中閱讀一篇優秀的論文或聽一場精彩的研討會,這也是你願意主動去做的事情。這和你做其他任何令你享受的事情,本質上是一樣的。
科研還是要享受這個過程,如果不享受的話,那就不值得,還有別的選擇。
03
專注一個課題,
你可以跟世界上任何實驗室競爭
知識分子:哪些東西讓您一步步走到現在?您覺得您做科研的特質是什麼?
陳志堅:有一點點韌勁,這一點我覺得還是比較重要的。一個就是說對做科研有興趣,總會想著一些新的問題,還有解決這些問題的一些辦法,會不斷的去琢磨,然後不輕易放棄。
另外一個就是說搞科研還是需要很專心的去做這個事情。所以這就是我為什麼沒有花很多時間在社交媒體上面。
知識分子:現在如果讓您對一些年輕的PI提一些建議,您會提什麼建議?
陳志堅:如果你專注於某一個課題,你應該有信心,這個世界上沒幾個人能比你更懂這個課題。即便是在一些大實驗室裡,真正深入一個課題的可能也就一兩個學生或博士後。所以,如果你能找到合適的課題並專注於它,你可以跟世界上任何實驗室競爭。
還有一點,PI在剛開始時還是要儘量親自做實驗。最初的這幾年非常寶貴,你應該用自己的雙手為自己打江山,不能完全依賴學生或博士後來為你打江山。也不要丟了那些做實驗的基本工具,尤其是在國內,年輕的PI一開始可能就會有很多學生,但這不一定是好事。還是要自己進入實驗室,親自做實驗,帶好學生。如果一個年輕的PI一下子有十幾個學生,只做老闆不做實驗,還是有一定的風險。
知識分子:您能介紹一下您是怎麼分配時間的嗎?
陳志堅:我大部分時間還是想科研的事情,因為別的也沒有需要我們去想的。所以我覺得很幸運,可以把大部分的時間花在做科研上面。一般大概九點上班,晚上大概七八點鐘左右回家,我的目標是7點前回家。
當然我現在出差也不少,就是說到外面去給講座開會也不少。我是能夠少旅行就儘量少旅行。這樣子我希望有更多的時間能夠在實驗室可以做一些事情,也可以跟實驗室的人交流,跟他們一塊就是分析資料,共同解決一些問題,然後再想下一步怎麼做,所以我希望是在這方面能夠花更多的時間。
知識分子:做您的學生應該很幸福?
陳志堅:這個我覺得我還是虧欠他們的,還是應該多花一些時間給他們。
知識分子:論文的引用量可以衡量一個人的成功與否嗎?
陳志堅:靠引用多少次並不完全說明問題。當然一篇文章被引用了幾千次,這本身還是說明在這個領域裡面是有一定的影響。但一篇文章被引用5000次,也不見得就一定比引用1000次的好。所以一個科學發現,最後的影響力,還有它的重要性,還是要在領域裡面,特別是同領域裡面的專家來評更有意義,而不是完全靠這個引用率來評。
04
科學是最公道的
知識分子:cGAS-STING這條通路上,目前好像在STING上的藥物研發會更多一點,cGAS上的轉化會更少一點,cGAS的潛力是不是沒有被充分的認識到?
陳志堅:cGAS的抑制劑現在有很多公司都在研發。至於cGAS的激動劑,目前還不多,因為這涉及到如何啟用酶的活性,這並不容易,但仍然是可行的。對於STING的激動劑,由於存在天然的分子可以啟用STING,比如cGAMP是天然的STING激動劑,因此在cGAMP的基礎上進行改進會相對容易一些。目前,抑制劑和激動劑兩邊都在同時進行研發。
藥物研發是一個漫長的過程,cGAS的發現時間還不長,所以我們需要給它一些時間。我在接受拉斯克獎採訪時提到,GLP-1花了40年時間才成為一款神藥,我們希望cGAS的藥物研發不需要那麼長時間,但這需要我們所有人的共同努力。
知識分子:目前的這條通路,您覺得還是有哪些未解之謎等待我們去探索?
陳志堅:cGAS的調控非常關鍵,它既要能夠應對各種微生物的感染,包括病毒、細菌和寄生蟲,又要避免對自身DNA產生免疫反應。一旦cGAS被自身DNA啟用,可能會引發多種炎症和自身免疫疾病,因此它的調控尤為重要,但這方面的調控機制還有許多問題需要我們去探究。至於STING的下游訊號傳導裡面也有一些問題沒搞清楚。最近的研究熱點之一是細菌中的cGAS,我們對它們是如何被啟用的、具有哪些功能、有哪些不同的系統還知之甚少,這也是一個很有趣的課題。
知識分子:您在美國已經做出了非常出色的成就,而且成為了美國科學院院士。有沒有覺得自己在華人裡已經成為一個榜樣?
陳志堅:我並沒有這麼覺得,我只是覺得我們在自己的領域裡面做出了一些工作。是不是榜樣我從來沒有去往這方面想,但是我也希望現在的年輕人可以從我這個例子裡面得到一些啟發:不管你是什麼樣的背景,或者有些人他可能就輸在起跑線上,但是你只要是跟著你的興趣去做,有一點點韌勁,最後還是可以做出一些東西來的。
我個人覺得(做科學)有一個好處就是說,科學是最公道的,科學家總的來說還是看你所作出的貢獻,你做的東西在這個領域裡面是不是受到同行的承認,不是靠一個人的社交技能可以改變的。我覺得絕大多數科學家都是更注重事實,更注重資料,這是高於一切的,高於政治的東西,高於社交的東西。
比如說我們當初發現了cGAS以後,最早認可我們工作的其實是我們的一些競爭對手,因為一些外行的人他們也搞糊塗了:為什麼發表了這麼多DNA sensor(DNA感受器)。他們也搞糊塗了,不知道哪個是真。但是,我們同行裡面的一些競爭對手,他們馬上就知道這個是對的,馬上就來祝賀我們。所以我想科學家是一群最尊重事實、最尊重資料的人。
參考文獻:
1.https://labs.utsouthwestern.edu/chen-zhijian-james-lab/2024-albert-lasker-award