1958年，大司空村的考古還只是發掘了很有限的範圍便匆匆讓路給了棉紡廠的建設。
由於被廠區疊壓，此後的發掘工作非常零碎。2004年，在此地發掘出一片殷墟晚期的住宅遺址（C發掘區），面積2600平方米，有一組多院落的四合院，周邊密集分佈著成排的房屋，有些單排房屋長度超過40米，如F23。
顯然，它們是高階貴族的家宅和祠堂。
為儲存建築基址，考古發掘並沒有挖開全部夯土，僅是開挖了幾條解剖溝，便發掘出多處兒童骨骼，說明這些房屋普遍使用幼兒奠基：
體型較小的裝在陶罐裡，稍大的直接放在坑中，身上覆蓋陶片，然後在上面構築夯土地基。
如F34地基，有八具童牲；F24,三具;F23,十具;F21,三具； F35,兩具；F36,兩具。目前考古隊在C發掘區共發現14座建築和 86具童牲，而這還僅僅是解剖溝的一小部分。
古代嬰兒死亡率高，人們有時會把夭折的幼兒裝在陶罐裡，埋在房屋周邊，新石器時代已經有很多這種遺蹟，這不足為奇；但大司空村的不同之處是，嬰兒大都被埋在夯土地基下或者夯築在地基中。
這也就意味著，這些嬰兒是被專門用來獻祭的。
和劉家莊北聚落類似，大司空村也有人畜混合祭祀坑與馬祭坑， 但數量少得多。大司空村單獨的人祭坑較多，而且殷商各時期的都有。
較早的，如祭祀坑H407,屬於殷墟一期，時間上限是盤庚王在沮河北岸建都，最晚可能到武丁王在疽河南岸營建新王宮。
同屬殷墟一期的，還有屍骨灰坑H431,坑底有一具八歲左右兒童的屍骨，兩條大腿被砍去。
此外，坑內還埋有成年人的零碎肋骨以及各種生活垃圾殘留。這些跡象表明，該坑並非嚴肅的祭祀坑，只是拋屍被虐殺者的垃圾坑。
零碎的肋骨顯示，附近居民可能有食人的習慣。
不知為什麼，大司空村被獻祭的人牲和被虐殺者大多都被砍掉了腿，而且這種行為一直延續了二百多年。很可能，這是大司空部族殺祭的一個特徵。
祭祀坑H310 （殷墟三期）則保留著更恐怖的一幕。這座坑的坑壁陡直規整，裡面埋有一具被砍掉兩條小腿的屍骨，趴在坑壁上——很可能他被扔到坑內的時候還沒有死，甚至試圖爬出去，直到以這種姿勢被活埋。
H278 （殷墟四期）是一座規範的祭祀坑，也保留著虐殺的現場。
殷墟h278祭祀坑，考古學家在此發現了兩具商代人祭後遺留的人類骨架，包括抱著一個幼兒骨架的成
年男性骨架。幼兒的小臂和小腿被砍掉，成年男子被從腰部砍成兩半，一隻手被砍掉，缺失脊椎骨和全部肋骨（取出肋骨和脊椎骨是晚商的一種人祭方式，操作者可能取出受害者的內臟用於祭祀，其他祭祀坑也有類似骨骼缺失）。
考古學家推測，可能是祭祀時成年男子至死不願意交出幼兒，於是操作者砍斷了兩人的腿腳胳膊，並將成年男子砍成兩段，並切除肋骨和脊椎骨，接著掩埋受害者屍體，
至於兩者可能有何種關係沒有說明。
