隆慶元年（1567年）九月，蒙古右翼土默特部俺答汗率軍攻破長城，劫掠山西沿邊邊民數萬人。俺答汗的入寇充分暴露了北方明軍戰力低下、守備糜爛的弊端，為加強北方防務，隆慶二年（1568年）二月，明穆宗朱載垕（即隆慶皇帝）提拔平定東南沿海倭寇之亂的抗倭名將戚繼光為神機營副將，同年五月，朱載垕以戚繼光總理薊鎮、昌平、保定練兵事務，受命節制以上三鎮所有明軍。
接到詔書後，戚繼光馬不停蹄地率領自己在浙江、福建沿海與倭寇作戰的精銳主力3000名戚家軍北上，駐防薊鎮。薊鎮系大明九邊重鎮之一，其防區為東起山海關，西至居庸關的1200里長城防線，是拱衛京師北京的重要防線，戰略位置極為重要。戚繼光到了薊鎮後，發現當地明軍戰力低下、作風散漫。於是，戚繼光以所帶來的3000名戚家軍為模板，對薊鎮明軍進行整訓。
浙兵（戚家軍）三千至，陳郊外。天大雨，自朝至日昃，植立不動，邊軍大駭，自是始知軍令。——《明史》
在戚繼光高強度的訓練下，駐防薊鎮的明軍迅速脫胎換骨，戰鬥力爆棚，多次出關暴打蒙古騎兵，使得蒙古騎兵數十年不敢南下叩關。也許有人有疑問，都是兩個肩膀扛一個腦袋，憑什麼戚家軍的戰鬥作風就這麼硬朗，其他的明軍就不行，其實原因很簡單，戚家軍工資高。當時戚家軍實行的募兵制，軍人所有開銷皆朝廷解決，工資和福利待遇更是普通明軍的3倍以上，優厚的待遇保障了戚家軍強悍的戰力。不同於實行募兵制的戚家軍，普通明軍主要是由軍戶中產生，他們沒有工資，就連最起碼的土地也被軍官們強佔，軍人待遇低下，甚至連溫飽都無法解決，自然無法形成強大的戰鬥力。
針對這一現象，戚繼光一方面向朝廷爭取經費；一方面整頓軍戶軍屯，打擊侵佔軍戶土地現象，使得薊鎮駐軍的待遇水平顯著提升，軍隊戰鬥力自然而然也就水漲船高。萬曆十一年（1583年），戚繼光因朝廷政治鬥爭傾軋被貶廣東，部下吳惟忠、陳文良、吳大績等隨往，但3000名戚家軍仍舊留在薊鎮防禦北方蒙古人，為大明守護北大門。萬曆十五年（1587年），戚繼光去世，這位將戚家軍一手帶入輝煌的晚明第一名將退出歷史舞臺，這個留在北方的戚家軍的前途蒙上了一層陰影。
萬曆二十年（1592年），日本實際統治者豐臣秀吉組織25萬日軍入侵朝鮮半島，計劃以朝鮮半島為跳板入侵大明。萬曆皇帝力排眾議從全國各地徵調4萬精銳明軍東征朝鮮。當年十二月，戚繼光生前的部將、戚家軍最後的名將吳惟忠奉詔率駐防薊鎮的3000名戚家軍遠征朝鮮。萬曆二十一年（1593年）正月，吳惟忠率領3000戚家軍勇士攻破日軍重點防守的平壤制高點牡丹峰，斬殺日軍數千，取得平壤大捷的首功。
平壤大捷後，明軍迅速收復朝鮮半島北部。因為寧夏叛亂，明軍在朝鮮最高指揮官李如松轉戰西北戰場，同時因為朝鮮戰局的稍微平緩，萬曆皇帝重新徵調新的明軍入朝，讓先前赴朝作戰的明軍歸國休整。當吳惟忠接收到新來的3000浙兵（重新在浙江招募的戚家軍）後，原先薊鎮戚家軍則由副將率領返回薊鎮休整。
根據明軍慣例，凡是取得大勝後，就要照例對軍人進行賞賜，此次戚家軍在平壤之戰中立下奇功，理應獲得重賞，實際上萬歷皇帝也從內帑（皇帝的私房錢）撥了一筆資金給戚家軍，但被薊鎮總兵王保截留，更有甚者，王保還剋扣戚家軍軍餉。此舉徹底激怒了戚家軍將士，這些戚家軍勇士血戰萬里，卻遭如此戲弄，怎能不惱怒，於是他們開始譁變，繼而成為兵變。為平定事態，王保假意答應補發賞金和工資，實際在暗中調兵，將戚家軍包圍繳械，並處死了1300餘人，是為薊鎮之變，也稱薊鎮兵變。
平壤南兵撤回時，以王賞不給（如松攻平壤時約先登者給銀萬兩，南兵果先登）鼓譟於石門寨。保誘令赴演武場，千三百名保盡誘殺之，以反聞。人心迄憤惋，故招募鮮有應者。”——《明史》
而後，王保反而顛倒黑白，誣陷戚家軍謀反，王保反而因此受到提拔，此舉徹底寒了戚家軍的心也寒了大明軍隊的心。薊鎮之變後，曾經那支聲動天下的勁旅遭到毀滅性打擊，雖然後來幾經重建，但再無曾經的精氣神，薊鎮之變可謂大明軍界最大的悲劇，一個王朝如此對待為自己浴血奮戰的軍人，這個王朝也就徹底沒救了。
