明朝初期，發動北伐，成功從蒙古奪取了漠南大片土地，包括鄂爾多斯高原的弱水河流域、鄂爾多斯高原、河套平原、西遼河流域以及呼倫貝爾高原，基本和現代的內蒙古範圍相當。這些土地處於季風區和非季風區的過渡地帶，可以遊牧，也可以農耕。歷史上，漢唐都是透過佔據漠南而防禦或者主動出擊漠北的遊牧民族，
漠南之地的核心是鄂爾多斯高原和河套平原，兩地加起來就是廣義的河套地區。河套平原是塞北難得的平原，有黃河穿流而過，水資源較為豐富，土壤肥沃，綠草茵茵。遊牧民族佔據這裡，牲畜就能夠迅速繁榮，部落也可以實現快速壯大。要是中原王朝攻佔此地，就可以屯田、駐兵、並憑藉陰山、戈壁灘這兩道天然屏障來抵禦漠北的遊牧民族。
因此，河套平原自古以來就是一個跳板，是遊牧民族侵入黃土高原和關中的一個跳板，也是中原王朝經營大漠的前沿陣地。戰國時期，趙國曾征服此地的婁煩、林胡，設定雲中郡，以作為南下攻秦的後方。秦朝統一後，北伐匈奴，奪取河南地（鄂爾多斯高原）和河套平原西部，設定九原郡。漢朝，曾在此大規模屯田，修建內外長城，以抵禦匈奴南下。北魏時期，設六鎮以抵禦柔然；唐朝時期，同樣在這裡駐兵屯田，抵禦突厥和回鶻。
朱元璋在奪取河套平原和鄂爾多斯高原後，就在河套平原到山西、河北以北的塞外設定了一系列的衛所，駐紮了邊防軍隊。主要的衛所有東勝衛、東勝左衛、東勝右衛、安東中屯衛、雲川衛、鎮虜衛、定邊衛、鎮朔衛、高山衛、宣府衛等。為了統一管轄這些衛所，朱元璋又從山西都司中分出了山西行都司，駐紮大同。
而西遼河、呼倫貝爾高原一帶，位於大興安嶺的西側，是東胡系民族興起的搖籃，歷史上的鮮卑、烏桓、契丹、室韋、蒙古等都在此崛起。明朝初期，朱元璋派遣藍玉北伐，到達了呼倫貝爾一帶，基本擊潰了北元的勢力，史稱“捕魚兒之戰”。此戰後，呼倫貝爾一帶遊牧的兀良哈蒙古歸順於明朝，朱元璋冊封為朵顏、泰寧、福餘三個衛，史稱“朵顏三衛”。
捕魚兒之戰地圖
為了進隔開蒙古和女真，明朝又在西遼河流域設定了諸多的衛所，全部隸屬於大寧都司管轄。為了實現藩王守邊，朱元璋還將寧王派遣到了大寧都司，和朱棣一起抵禦蒙古。
明朝在漠南屯田，實行“兵農合一”的制度，一定程度上也減少了國家的財政負擔。當時山西塞外的衛所“屯田二千六百四十九頃，歲收粟豆九萬九千二百四十餘石”，平均畝產0.37石（約60市斤）。
不過，到了永樂年間，就大肆將塞外的都司、衛所廢除或者內遷，將軍隊遷徙到內地。例如大寧都司在靖難之役期間被廢除，1403年恢復，但是重設點在保定。河套的東勝衛，在1402年內遷到河北盧龍縣；1403年，開平衛從塞外遷徙到北京。1406年，“復設開平衛”還於舊治，這是為了服務朱棣的北伐。1430年，開平衛最終內遷。
內遷後的衛所
有人認為，朱棣南遷衛所的主要原因是明朝氣候變冷，塞北難以耕種，防禦困難，因而朱棣選擇收縮防線。但仔細研究，這個說法靠不住。從朱元璋到朱棣時期，不過幾十年，氣候不可能出現大幅度的變化。
後來蒙古佔據了河套，俺答汗招漢人開發耕地，“所種皆谷黍蜀秫糜子”。1554年，有一個叫做丘富的漢人曾逃到河套“招集亡命，居豐州，築城自衛，構宮殿，墾水田，號曰板升”；萬曆年間，又有漢人遷入河套，開田萬頃，“連村數百”。可見，明朝的河套完全是可以進行屯田的。
朱棣放棄塞北衛所的主要原因，應該和靖難之役有關。1399年，建文帝即位，開始了削藩。朱棣為了奪取帝位，發動了“靖難之役”。但發動了大規模的戰爭，那是需要軍隊的。為此，朱棣脅寧王起兵，獲得了大寧都司的8萬精兵，而當時受大寧都司節制的朵顏三衛也加入了朱棣的陣營。此後，朱棣就派遣帶領大寧都司、寧王和朵顏三衛的軍隊不斷對建文帝發動進攻，最終奪取了帝位。
1402年，朱棣即位，史稱明成祖。在“靖難之役”期間，長城塞外的衛所軍隊大部分被朱棣調走，塞北空虛。朱棣即位後，又繼續削藩。朱元璋分封的藩王中，以韓王、沈王、遼王、寧王、齊王、燕王、谷王、代王、晉王、安王、秦王、慶王、肅王的軍隊最多，因為他們需要抵禦北方的蒙古，因而也被稱為“塞王”。
而朱棣削藩，就要將奪取其兵權。沒有了兵權，這些塞王就失去了分封的意義。於是，朱棣直接下令將這些塞王內遷，例如遼東的沈王在1409年遷徙到山西潞州，遼王內遷到湖北，寧王遷徙到南昌。尤其是寧王內遷影響很大，導致西遼河一帶空虛，防禦困難。
第二個重要的原因，應該是明朝軍屯制度的破壞。明朝前期的軍事制度主要是軍屯制度，《明史・兵志》說:“東自遼左，北抵宣大，西至甘肅，南盡滇蜀，極於交趾，中原則大河南北，在在興屯”。軍屯制度，就是“兵農合一”，軍戶既要耕地，也要作戰，並且不能轉行為其他行業。這種制度可以減少明朝的軍費開支，但對軍戶的剝削是非常慘重的。天下穩定後，農民不願意為軍戶，紛紛逃亡，於是軍屯制度開始崩潰。而塞外環境惡劣，糧食難以自足，也就首先開始崩潰。
另外，補給的困難也是重要的原因。明朝的衛所是建立在屯田基礎之上的，如果屯田的糧食不能自足，那就需要附近的州縣提供糧草。例如，河套平原在洪武年間歸屬山西行都司管轄，但河套平原的糧食顯然無法自足，需要朝廷提供補給。按照明朝的衛所制度，明朝的山西省就要給山西都司、山西行都司提供糧草。但是從山西到達塞外，只能走陸運，運輸成本很高。從節省成本的角度來看，在塞外駐紮軍隊顯然是不經濟的行為。為此，朱棣只好將塞外的衛所內遷。
明朝藩王分佈和內遷示意圖
那麼後來的清朝為何沒有這個補給困難的問題呢？主要原因就是清朝是少數民族建立的王朝，清朝在塞外駐紮的軍隊主要是滿洲、蒙古軍隊，很少有漢八旗和綠營。漢人軍隊對對糧食的消耗很大，但是滿洲和蒙古人習慣吃牛羊，對糧食的需求就要少一些。因此滿洲、蒙古軍隊駐紮在塞外，基本可以實現自足，補給成本自然就低。
朱棣內遷的衛所，對明朝造成了不可逆轉的影響。最重要的影響就是導致明朝的邊界線收縮了幾百公里。此後，明朝的邊界線基本就在長城一線，出現了所謂的“天子守邊”的現象。朱棣之後，明朝不斷修建長城，形成了東到鴨綠江，西到嘉峪關的萬里長城。明朝的軍隊在長城以內駐紮，形成了“九邊”。
由於明朝放棄大片的國土，導致塞北空虛，於是北方的蒙古各部紛紛遊牧到河套、鄂爾多斯高原、西遼河等地。就在永樂初年，兀良哈蒙古就南遷到了西遼河流域，並威脅見到了北京。兀良哈原本是朱棣的盟友，朱棣曾答應成功後將大寧一帶贈送給兀良哈作為牧場。在靖難之役中，大寧都司南遷，兀良哈部就佔據了此地。而朱棣即位後，兀良哈部和朱棣鬧翻，直接歸附了韃靼部。
河套地區，由於明朝軍隊撤走，蒙古人就逐漸佔據了此地。1430年，瓦剌的脫歡擊敗了韃靼的首領阿魯臺，統一了蒙古高原。阿魯臺在漠北無法立足，於是南遷到了漠南，遊牧於遼東至大同邊外，史稱“阿魯臺敗北，部曲離散，多於近邊假息”。這時候，兀良哈蒙古也歸順了瓦剌。後來，也先就讓兀良哈蒙古進入河套平原，駐紮在陰山之下。於是，兀良哈開始了西遷的程序，明朝史料稱之為“北虜入套”，可笑的是譚其驤的明朝全圖還將河套畫在明朝版圖之內。
這些蒙古人進入河套，還屢次侵犯明朝長城一線的寧夏、延綏、永昌、莊浪、古浪、鎮番等變鎮。
河套在陝西黃河之南，自寧夏至山西偏頭關凡二千里，古有城池屯堡兵民耕牧其中，後以闊遠難守內徙而棄之，自是草木深茂，人跡罕至。天順間虜酋阿羅出入居之，時出劫掠。成化初毛裡孩、白七加思蘭、李羅忽、滿都繼至，初猶去駐不常。六年以後為久居計，深入諸郡殺掠人畜，動輒數千百萬，歲常四三人。——《明憲宗實錄》
到了明朝中期，韃靼再次崛起，其達延汗等進入了漠南，並將河套作為了大本營。而明朝自從永樂年間放棄河套平原之後，就從未想過收復。蒙古得到了漠南，和明朝以長城為界，導致明朝北方的萬里邊界線完全暴露在蒙古的侵犯之下。蒙古人主要採取游擊戰術，來去無蹤，讓明朝的九邊重鎮難以應對。明英宗時期的土木堡之變就發生在長城附近，而明中期的庚戌之變更是發生在北京城，可見邊界線的南遷使得明朝的邊防壓力倍增。
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