清朝康熙三年，西元1664年，此時距離清軍入關已經整整二十年了。此時南明永曆帝也已經被吳三桂處決。但是，南明在大陸上依舊有一支抗清的武裝，而這支武裝，其實並非正統明軍，因為正統明軍在清軍入關以後大多投降了清廷，成為了清軍。這支武裝的前身，其實是李自成的大順軍改編的。
可以說，南明堅持抗清到最後一刻的武裝，是李自成的舊部（按：雖然鄭經的軍隊在多年後才被清軍消滅，鄭家父子統治時期，被視為明鄭時期，而非南明時期）。
這支最後的南明武裝被消滅的戰役，在歷史上，被叫做茅麓山戰役。
1、農民軍助力南明
一切還要從清朝順治二年，西元1645年說起。
這一年，是清軍入關的第二個年頭，但是，中原局勢卻出現了讓人意想不到的變化：那就是李自成在這一年神秘失蹤，有說法認為李自成被人殺了。也就在這之後不久，清軍又陸續處決南明弘光帝以及射死大西皇帝張獻忠——南明、大順、大西，三方勢力都遭到了清軍的重創。因此這三方勢力選擇聯合起來，一致抗清——可以說，南明中期以後，南明抗清運動的主力，是曾經被明廷視為流寇的農民軍。
在大順軍、大西軍的助力下，南明朝廷一度有中興的跡象，甚至還給予了清軍一定的重創——比如出自大西軍的李定國，就擊殺了清軍的名將，被後世稱為“兩蹶名王”。不過，由於很多不利因素的影響，南明朝廷最終還是沒能單靠短暫的軍事優勢實現翻盤，最終南明永曆朝廷還是被清軍消滅。
2、李來亨抗清
清朝康熙初年，在四川和湖北交界的山地，存在大順軍餘部。隨著永曆朝廷被消滅，這一區域的大順軍餘部成了清廷重要打擊目標。由於失去了其他陸上抗清勢力的牽制，因此抗清壓力激增。很多堅持抗清多年的大順軍將領（比如郝搖旗）都在這個背景下，死於清軍的打擊和掃蕩。形勢嚴重惡化的情況下——尤其是南明朝廷徹底被消滅的大背景下，很多大順軍將領也有了動搖心理，開始勾搭清軍進行和談、投降。所以到了康熙三年的時候，四川湖北交界一帶的抗清武裝，只剩下李來亨這一支孤軍了。當時，李來亨的軍隊在湖北的茅麓山區活動，進行抗清。
清軍的將領抵達茅麓山以後，認為整個大陸都被清軍佔領，如今抵抗力量就剩下一個山區，因此清軍的進攻必然如同泰山壓頂一樣的趨勢。所以負責進攻茅麓山的清軍將領十分輕視茅麓山的抗清武裝。但隨著清軍開始進攻茅麓山，清軍將領意識到自己輕敵了：茅麓山的抗清武裝利用地理優勢，給清軍造成巨大殺傷。經過幾輪進攻，清軍沒討到便宜。於是清軍採取了一個歹毒的手段：那就是封鎖茅麓山周圍的交通，斷絕物資運輸，透過斷糧的手段，餓死茅麓山的抗清武裝。
雖然斷糧、封鎖這招見效比較慢，但卻是最歹毒的。果然，幾個月後，李來亨的部隊處於糧草嚴重不足的狀態。李來亨深知不能坐以待斃，於是李來亨被迫帶隊伍突圍。而清軍早就以逸待勞，修建了防禦工事，居高臨下來狙殺李來亨計程車兵。
李來亨經過若干次突圍，都以失敗而告終。因此李來亨只好退守山寨。到了這一年秋季，李來亨對前途絕望——因為糧食已經消耗殆盡了，突圍又沒有希望，而且也有部分士兵出現了潛逃情況。於是選擇自殺。李來亨的舊部也在之後和清軍交戰中大多犧牲。茅麓山抗清據點這時才被清軍消滅。
