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NGS指導靶向治療具有重要價值，有力助推乳腺癌精準診療發展。
過去20年中，NGS在醫學領域的應用顯著增加了識別可能對靶向治療敏感的突變基因的可能性，促進了乳腺癌精準診療的快速發展。近期，一項研究[1]旨在評估NGS檢測在指導乳腺癌患者選擇靶向治療方面的潛在價值，透過分析在Modena中心接受治療的乳腺癌患者轉移灶樣本NGS檢測的可行性和臨床相關性，結果顯示，對轉移性乳腺癌的癌組織使用NGS檢測可能影響治療選擇，約9%的研究人員根據NGS檢測結果對其療法進行了修改。可檢測突變的數量不斷增加和檢測的可及性增加可能導致NGS檢測具有更多的潛在治療意義。該研究強調了NGS檢測在乳腺癌精準診療的重要性，並提示了應在疾病診斷時儘早檢測，患者獲益更多。現將重點內容梳理如下，以饗讀者。
研究方法
本研究為一項回顧性、單中心分析。收集2015年1月-2022年4月期間在Modena癌症中心接受治療的101例轉移性乳腺癌患者的NGS資料。在Modena大學醫院分子病理學實驗室對癌症組織進行了NGS分析，並對識別出的突變進行分類。
患者
參與本研究的患者必須符合以下入選標準：年齡≥18歲；診斷為轉移性乳腺癌；能夠從Modena癌症中心獲取電子病歷；根據臨床實踐對原發性或轉移性乳腺癌組織進行NGS檢測。臨床-病理學資料包括患者人口統計學資訊；首次診斷和復發日期；腫瘤特徵；既往新/輔助化療和/或輔助內分泌治療（如給予）的型別和持續時間；轉移性疾病部位；活檢型別（轉移灶vs.原發灶）；轉移性疾病的治療型別和持續時間；以及患者當前的健康狀況。NGS資料應包括NGS檢測的執行日期；取樣部位（原發灶、轉移灶或液體活檢）；使用的基因組合；檢測出的基因變異；以及NGS結果對治療決策的影響。
NGS試驗
在所有情形下，對目前認定具有臨床意義的主要癌症相關基因進行DNA分析：單核苷酸變異（SNV）、多核苷酸變異（MNV）以及短插入和缺失（INDEL）。在近期的病例研究中，NGS檢測面板可用於同時分析DNA和RNA，因而除了上述測定外，還研究了NTRK1、NTRK2和NTRK3等融合轉錄本。
對從福爾馬林固定、石蠟包埋的活檢組織和/或手術標本中提取的核酸進行NGS分析。對4-6個切片的腫瘤區域進行手動顯微切割，厚度為10µm。
研究結果
人群特徵
本研究共入組了2015年1月-2022年4月在Modena癌症中心接受治療的101例轉移性乳腺癌患者。診斷時的中位年齡為50歲（範圍29-76歲）。總體而言，研究結束時，35.6%為新發轉移性乳腺癌，83.1%的患者存活。
基線時，共有77.2%的患者為導管組織型別。最常見的表型為luminalA(51.5%)，其次為luminalB(33.7%)、HER2陽性(9.9%)和三陰性(4.9%)。此外，35.6%的患者在診斷時患有“新發”轉移性乳腺癌。在轉移性乳腺癌診斷時，52.5%的患者轉移累及更多部位，14.8%僅有骨轉移，1例患者僅出現中樞神經系統（CNS）轉移。總體而言，67.3%的轉移病灶與原發灶表型相同。所有患者均接受了中位2線（範圍0-14）轉移性疾病全身治療，60.4%的患者在早期接受了化療。
分子特徵
所有患者均接受基於腫瘤組織的NGS分析：47例樣本來自原發性腫瘤，52例(51.5%)來自轉移灶（其中7例來自骨，8例來自皮膚，3例來自淋巴結，21例來自肝臟，8例來自肺，5例來自其他組織），還有2例來自液體活檢。總體而言，40例患者為野生型，而61例患者存在致病性突變。其中35例為單一突變攜帶者，11例有2個突變和15例有≥3個突變。其中，根據ESCAT量表分類，46例為I-II級突變。
共發現85個突變：最常改變的基因是PIK3CA(40/85，47%)，其次是FGFR(16/85，18.8%)、ERBB2(10/85，11.7%)、MAP2K1(6/85，7%)、CDK(4/85，4.7%)和ESR1(3/85，3.5%)；其他突變包括ALK、JAK/STAT、MYC和BRAF/MEK(6/85，7%)。在診斷時具有Luminal表型的患者中，轉移性疾病期間最常發生突變的基因是PIK3CA(39.8%)；在HER2+表型的患者中，ERBB2是最常發生改變的基因(30%)（圖1a，b）。
圖1. (a) 主要基因改變發生率。(b) 診斷時與腫瘤表型相關的主要突變的分佈。#本圖中未考慮三陰性腫瘤，因為5例患者中僅2例顯示基因突變（分別為CDK6和MYC）
基於NGS分析的預後影響
中位隨訪57個月後，99/101例患者被納入最終生存分析。其中53例患者行轉移部位活檢，結果顯示32.7%表現為與原發灶不同的表型。然而，與初診時表型保持相同的患者相比，表型變化與OS之間無顯著相關性(p=0.584)（圖2）。
圖2. 轉移灶相比原發性腫瘤的表型變化與OS之間的相關性
無論在診斷時、治療期間還是在末次治療時進行NGS檢測，OS獲益與NGS檢測的時機之間均無統計學顯著意義。然而，在末次治療時進行NGS檢測的患者中位OS(mOS)在數值上更差，為1.4年(95%CI：0.3-4.3)，而其他兩組分別為5.2(5.2-5.2)和6.2(5.5-8.5)年（圖3）。
圖3. NGS檢測時機與OS之間的相關性
野生型和突變患者之間未觀察到OS的統計學顯著差異(p=0.147)（圖4a）。當考慮每例患者的突變數量時，單一突變組的mOS為8.5年，兩種突變組的mOS為8.5年，三種突變組的mOS為6.1年。野生型患者的mOS在數值上更低，為5.3年。然而，未觀察到統計學顯著差異(p=0.447)（圖4b）。
圖4. (a) 基因改變對OS的影響。(b) 每例患者的突變數量與OS之間的相關性
研究發現40個PIK3CA突變。PIK3CA突變人群的mOS為6.8年，PIK3CA野生型組為6.1年。在FGF受體家族中，FGFR突變組的mOS為5.8年，而FGFR野生型組的中位生存期為6.8年。這兩種情況下，這些相關性均不具有統計學顯著性：分別為p=0.625和p=0.153（圖5a，b）。
圖5. (a)PIK3CA突變與OS的相關性。(b)FGFR突變與OS的相關性
NGS檢測對接受CDK4/6抑制劑治療患者OS的影響
在接受CDK4/6抑制劑治療的患者亞組（佔研究人群的78%）中評估了進行NGS檢測的影響。其中無突變佔39.3%，至少有1個突變佔60.7%。這兩組患者的mOS無統計學顯著差異，數值分別為6.2年和6.8年，p=0.403（圖6）。
圖6. NGS檢測對接受CDK4/6抑制劑治療患者OS的影響
可靶向突變
在61例攜帶致病性突變患者中，根據ESCAT量表，35例至少有一個可靶向的I級突變，建議使用特定藥物。最常見的可靶向I級突變是PIK3CA(47%)。I–II級突變患者的mOS為8.5年，而≥3級突變患者的mOS為5.2年。這些組之間未觀察到OS的統計學顯著差異(p=0.549)。
研究結論
隨著醫學科學技術的不斷進步與演進，特別是NGS技術的迅猛發展，乳腺癌的精準治療領域正經歷著重大變革。越來越多的腫瘤驅動基因突變被逐步發現。NGS技術在臨床試驗中的重要性日益增加，其提供的豐富患者基因資訊對於後續治療方案的選擇具有重要的參考價值。因此，應當積極探索NGS技術在包括PIK3CA、ESR1、HER2等多基因聯合檢測中的標準化應用。關於檢測時機，美國國家綜合癌症網路（NCCN）指南建議在首次轉移時進行活檢並檢測PIK3CA突變，以便為治療決策提供指導。展望未來，期待隨著NGS技術的廣泛普及和檢測成本的進一步降低，助推乳腺癌的精準診療步入嶄新的時代。
參考文獻：
[1]Canino F, Tornincasa A, Bettelli S,et al. Real-World Data and Clinical Implications of Next-Generation Sequencing (NGS)-Based Analysis in Metastatic Breast Cancer Patients. Int J Mol Sci. 2024 Feb 20;25(5):2490.
審批編號：CN-147750 過期日期：2025-11-27
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