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全面基因組特徵分析助力MCL患者個性化治療
套細胞淋巴瘤（MCL）是一種罕見的非霍奇金淋巴瘤（NHL）亞型，佔所有B細胞NHL的5%-7%，兼具侵襲性淋巴瘤的“侵襲性”和惰性淋巴瘤的“難治癒性”特徵，長期預後較差。由於IGH：：CCND1基因融合驅動的細胞週期調節蛋白cyclin-D1的表達上調，MCL具有淋巴結套區異常B細胞快速增生的特點。此外，MCL早期治療失敗也與特定的遺傳學異常有關，如KMT2D和TP53突變，RB1、CDKN2A（p16）、TP53和CDKN1B的缺失 [1] 。隨著多種新藥和創新療法的出現，在精準醫療時代，對MCL進行全面且迅速的分子特徵分析變得日益重要。
EuroClonality-NDC檢測是一種靶向捕獲二代測序（NGS）技術，可同時檢測B細胞和T細胞的克隆性、易位、複製數變異（CNV）、以及白血病和淋巴瘤最相關基因的序列變異。近期，研究者應用EuroClonality-NDC檢測對MCL患者的外周血（PB）和骨髓（BM）樣本進行了全面基因組特徵分析 [1] ，並進行了長期隨訪，旨在驗證靶向測序對MCL患者的PB或BM樣本進行全面基因組分析的可行性和臨床意義，本文整理如下。
圖1：研究截圖
靶向測序全面遺傳學分析助力識別MCL基因組危險因素
研究對國際、隨機、III期MCL Younger研究和MCL Elderly研究（總體研究佇列：n=1229）中的180例MCL患者治療前的PB（n = 144）或BM（n = 36）樣本進行了全面基因組特徵分析，納入標準為Ann-Arbor II-IV期、年齡18歲-65歲、Younger研究中符合自體造血幹細胞移植（ASCT）條件或Elderly研究中年齡超過60歲且不符合ASCT條件的MCL患者。與總體研究佇列相比，選定患者的無進展生存期（PFS）較短、總生存期（OS）相似，與年輕患者相比，老年患者結局較差（圖3）。
圖2：患者篩選流程
圖3：總體研究佇列與選定患者的PFS與OS
MCL患者可透過NGS獲得較準確的基因組特徵
94%（169/180）的患者透過NGS檢測到IGH：：CCND1基因融合。173例患者透過熒光原位雜交（FISH）檢測獲得IGH：：CCND1結果，其中151例（85%）FISH和NGS檢測結果均呈陽性，2例（1%）僅FISH呈陽性，11例（6%）僅NGS呈陽性，9例（5%）透過兩種方法均呈陰性（表1）。
表1：NGS和FISH鑑定基因組特徵
所有患者透過NGS檢測到IGH-V-（D）-J重排。在變異等位基因頻率（VAF）為4%的臨界值下，79%（143/180）的患者攜帶≥1個體細胞突變，MCL Younger佇列和MCL Elderly佇列分別為75%（88/117）和87%（55/63），大多數為MCL的驅動突變基因，如ATM（35%）、TP53（24%）、KMT2D（22%）、SAMHD1（10%）、BIRC3和NFKBIE（5%）。在37例未檢測到突變的患者中，16例（43%）腫瘤細胞浸潤率低於10%。然而，當VAF範圍為1.8%-4%時，在7/16的患者中檢測到了TP53、ATM、KMT2D或ARID1A的突變。
117個樣本（65%）有>20%的腫瘤浸潤，符合複製數變異（CNV）分析的條件，在83%（96/117）的患者中檢測到CNV。最常缺失的基因為RB1（26%）、ATM（20%）、CDKN2A/B（18%）和TP53（17%），擴增最多的基因為KLF2（24%）、CXCR4（14%）、CCND1（13%）、MAP2K1（13%）和MYC（13%）。與MCL Younger患者（60/76，79%）相比，MCL Elderly患者（36/41，88%）中可觀察到更高程度的基因組不穩定性，表現為更高的基因缺失比例：RB1（34% vs 22%）、ATM（29% vs 14%）、CDKN2A/B（27% vs 16%）和TP53（22% vs 14%），以及更高的基因擴增比例：CCND1（17% vs 9%）和MAP2K1（20% vs 9%）（圖4）。
圖4：使用EuroClonality-NDC方法對180例MCL患者進行靶向測序
與MCL不良預後相關基因組異常的識別
TP53突變（p = 0.026）、CDKN2A/B缺失（p = 0.00017）和KLF2擴增（p = 0.0021）與較高的MIPI指數顯著相關，CDKN2A/B缺失與Ki-67指數≥30%相關（p = 0.046）。總緩解率（ORR）受到TP53（突變型vs野生型：71% vs 94%，p = 0.015）和FAT1（突變型vs野生型：20% vs 91%，p = 0.02）突變的影響，但完全緩解（CR）率並未受到明顯影響。
較差的無失敗生存期（FFS）與TP53、FAT1和NOTCH1突變和TP53、CDKN2A/B、TRAF2缺失以及MAP2K1擴增顯著相關。較差的OS與TP53、FAT1、NOTCH1、TRAF2突變和CDKN2A/B、EGR2、TRAF2缺失以及BCL2、MAP2K1擴增顯著相關（圖5）。
圖5：不同基因組異常患者的PFS與OS分析
IGHV基因與FFS和OS結果相關，涉及IGHV3-23或IGHV4-34克隆性重排的患者在FFS和OS中均顯示出良好的結局（FFS：p = 0.0073，中位數：6.7，OS：p = 0.0062，中位數：未達到）（圖6）。
圖6：IGHV與MCL患者預後相關
透過Cox迴歸分析，檢測到更高的遺傳複雜性（定義為存在≥3個CNV）與較差的FFS和OS率顯著相關。具有3-5個CNV的患者（32/118例；27%）比具有超過5個CNV的患者（28/118；24%）預後更好。此外，存在≥3個事件（無論是CNV還是突變），均與較差的生存率顯著相關。
小 結
隨著新型方案在MCL患者中應用的增加，對MCL患者進行最佳化的風險分層、全面的基因組分析必不可少。該研究證實使用EuroClonality-NDC靶向測序基因組分析可進行克隆性測定，以及檢測PB/BM樣本中的SNV、SV和CNV（腫瘤細胞浸潤至少≥5%）。該結果與常規FISH或透過PCR和Sanger測序進行的克隆性評估高度一致，能夠同時識別診斷和預後相關的基因組異常。研究結果顯示，突變率最高的基因為ATM、TP53、KMT2D、SAMHD1、BIRC3和NFKBIE。在CNV分析中證實了CDKN2A/B缺失、TP53缺失與不良預後相關。TP53、FAT1、NOTCH1的突變，TP53、CDKN2A/B的缺失以及TRAF2、MAP2K1的擴增與FFS和OS相關。
在MCL患者中透過靶向測序對PB和BM樣本進行全面的基因組分析是可行且具有臨床意義的，可以在臨床常規中識別MCL患者的基因組風險因素，對實現個體化患者管理具有重要意義。
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參考文獻：
[1]Khouja M， Jiang L， Pal K， Stewart PJ， Regmi B， Schwarz M， Klapper W， Alig SK， Darzentas N， Kluin-Nelemans HC， Hermine O， Dreyling M， Gonzalez de Castro D， Hoster E， Pott C；European Mantle Cell Lymphoma Network. Comprehensive genetic analysis by targeted sequencing identifies risk factors and predicts patient outcome in Mantle Cell Lymphoma：results from the EU-MCL network trials. Leukemia. 2024 Sep 16. doi：10.1038/s41375-024-02375-8.
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